1. 소득 대비 보유세 부담률이 높다?
보유세 실효세율 논란과 관련하여 우리나라의 집값 대비 보유세 실효세율은 선진국에 비해 낮지만, 소득 대비 보유세 비율은 높으므로 보유세 부담을 낮춰야 한다는 주장이 일부에서 제기되고 있다.
그러나 보유세는  소득 에 대해 부과하는 소득세가 아니라  재산보유사실  자체에 대해 과세하는 세금인데도 조세체계상 직접적으로 관련이 없는 소득과 연계시킴으로써 소득이 없으면 부동산을 아무리 많이 보유해도 세금을 낼 수 없다는 취지로 이해될 수 있어 자칫 일반국민들로 하여금 보유세에 대한 큰 오해를 불러 올 수 있다.
한편 우리나라의 주택가격이 턱없이 높아 소득에서 차지하는 보유세 비중이 점차 높아질 수 있기 때문에 바로 이점에서도 보유세 정상화의 당위성이 있는 것이다.
강남의 중형아파트를 구입하려면 도시근로자가 한 푼도 쓰지 않고 20여 년 동안 벌어야 한다고 한다. 이처럼 집값이 비정상적으로 높게 된 데는 그간의 우리나라 보유세가 너무 적어 주택의 과다보유 억제기능이 미약하였던 것이 그 원인의 하나였음을 부인할 수 없다. 이는 올해 주택분 종합부동산세를 내는 사람 중 63.5%가 다주택자이며, 이들이 종합부동산세 과세대상 주택의 89.4%를 점유하고 있다는 사실( 07년 전망치)로도 알 수 있다.
따라서 보유세를 통해 부동산에 대한 투기적 가수요를 억제하고 보유세가 국민들의 부동산 취득 보유 처분 등에 의미 있는 결정요소가 되도록 함으로써 주택가격의 정상화와 함께 소득 대비 보유세 부담도 적정수준을 유지하도록 하자는 것이다.

3. 경제적 부담 너무 크다?
금년의 경우 주택분 종합부동산세를 내는 사람 가운데 42.2%는 100만원 이하의 세액을 부담하게 될 것으로 예상된다. 특히, 1세대 1주택자 중 공시가격 9억원(시가 11억 3천만원 수준) 이하자나 올해 처음으로 주택분 종합부동산세를 내게 되는 사람의 경우는 평균 80만원 정도로 이는 3500cc 자동차세액과 비슷하다. 다만, 공시가격의 급등으로 세부담이 크게 늘어난(최고 300%) 납세자도 있을 것으로 예상된다.

4. 주택가격 하락해도 보유세 늘어난다?
최근 들어 집값은 떨어지고 있는데도 보유세 부담은 늘어난다고 잘못 주장하는 경우도 있는데 이는 종합부동산세를 제대로 이해하지 못한 결과로 보인다.
공시가격은 매년 1월 1일 기준으로 산정된다. 따라서 올해 집값 하락의 효과는 내년도 공시가격에 반영될 것이고, 다른 조건이 같다면 보유세도 그에 따라 줄어들 수 있다. 만약 주택 공시가격이 6억원 이하까지 떨어진다면 종합부동산세 납세자에 해당되지 않게 된다.

5. 미분양주택은 종합부동산세 과세대상이 아니다.
미분양으로 자금사정이 어려운 시행사에게 종합부동산세까지 떠 안긴다 는 보도도 있었으나, 이는 준공 후 잔금이 지급되지 않아 소유권이 이전되지 않은 신축아파트는 시행사의 미분양주택으로서 재산세의 최초 납세의무 성립일로 부터 3년 이내에는 합산배제신청을 통하여 종합부동산세를 면제받을 수 있다는 사실을 간과한 것이다.

6. 자진신고 납부자는 어떠한 불이익도 없다.
지난해의 경우 일부 세법을 잘못 이해한 자들이  자진신고 납부를 거부해야 불이익을 안 당한다 는 등 납세자를 혼란케 하는 주장을 한 바 있으나, 이는 사실과 다르다.
자진신고 납부자는 3%의 세액공제 혜택과 법정신고기간( 06년의 경우 :  06.12.1~12.15) 경과 후 3년 이내에 경정청구가 가능한 데 비해, 무신고해 고지 받는 경우에는 자진신고 납부시 받을 수 있는 3%의 세액공제 혜택의 상실과 이의신청 등 불복청구 기한도 90일 이내(기한의 불이익)로 현행 법령상 자진신고 납부한 납세자들은 그렇지 않은 납세자 보다 모든 면에서 유리하다
한편, 부당한 납세거부 선동 행위는 헌법이 정한 신성한 납세의무(헌법 제38조)를 훼손하는 것으로 처벌 대상(조세범처벌법 제14조에 규정된  선동 또는 교사한 것에 해당하는 행위로서 2년 이하의 징역 또는 50만 원 이하의 벌금에 처하도록 되어 있음)이 됨을 유의해야 한다.