1. 서비스업 등에 대한 과세특례
조세특례제한법상 과세특례제도 신설로 관광호텔업 등 서비스업용과 공장용 건축물의 부속토지로서 별도합산토지에 대하여는 공시가격 200억원 초과분에 대해 0.8%의 단일세율을 적용하는 과세특례가  07년부터  09년까지 3년간 한시적으로 적용되어 세부담이 경감된다.
이는 업종의 특성상 대규모 토지를 보유해야 함으로 인해 급격한 보유세 부담 증가로 애로를 겪고 있는 업종에 대하여 세부담을 경감함으로써 신성장동력인 서비스산업에 대한 투자활성화와 내수진작 등을 지원하기 위한 것이다.

2. 임대목적의 건설임대주택도 합산배제 대상
종합부동산세법에서는 일정요건을 충족하는 임대주택에 대하여는 과세대상에서 제외(합산배제)하여 세부담을 면제해주고 있다. 이는 임대주택의 이용자가 영세서민임을 감안하여 임대주택에 부과된 세금을 세입자에게 전가하는 사례를 방지하여 서민주거 안정에 기여하기 위한 정책적 배려이다.
다만 지난해까지는 임대주택의 경우 과세기준일 현재 임대되지 아니하면 과세대상에 합산되었으나, 분양을 목적으로 건설된 주택이 미분양되면 합산대상에서 제외되는 점을 고려하여 올해부터는 일정요건을 갖춘 건설임대주택이 사용승인(사용검사)을 받은 날부터 과세기준일 현재까지의 기간 동안 임대된 사실이 없고 그 기간이 6개월 이내인 경우에는 합산배제 대상이 되도록 하였다. 이로 인해 건설임대주택 소유자의 납세부담이 경감될 것으로 본다.

3. 과세표준 적용비율 상향조정
세액계산에 있어 감안하는 과세표준 적용비율은 주택 및 종합합산토지의 경우 지난해 70%에서 80%로 10%p, 별도합산토지의 경우에는 지난해 55%에서 60%로 5%p 각각 상향 조정되어 세부담이 늘어나게 된다. 또한 올해 이후에도 주택 및 종합합산토지의 경우 매년 10%p씩 인상하여  09년에는(별도합산토지의 경우 매년 5%p씩 인상하여 2015년에는) 100%가 적용되도록 하고 있다.
이처럼 적용비율을 점진적으로 상향조정하는 것은 그동안 너무 낮았던 보유세를 점진적으로 현실화하기 위한 것이다.

합산배제와 사후관리

종합부동산세법에서는 일정요건을 충족하는 임대주택에 대하여는 과세대상에서 제외(합산배제)하여 세부담을 면제해주고 있다. 이는 임대주택의 이용자가 영세서민임을 감안하여 임대주택에 부과된 세금을 세입자에게 전가하는 사례를 방지하여 서민주거 안정에 기여하기 위한 정책적 배려이다. 여기서는 임대주택을 중심으로 합산배제 기준과 합산배제 후의 사후관리를 살펴보고자 한다.

1. 임대주택의 합산배제 기본요건은
종합부동산세의 과세표준에서 합산 배제되는 임대주택은 건설임대, 매입임대, 기존임대 및 미임대 건설임대 주택별로 그 적용 요건이 다르다.

면적 및 임대주택수 기준
주택의 전용면적이 건설임대 및 미임대 건설임대 주택은 149(45평) 이하, 매입임대 및 기존임대 주택은 국민주택규모 이하이어야 한다.
주택수에서는 건설임대주택의 경우 동일 특별시 광역시 또는 도에 소재한 주택별로 각각 합산하여 2호(매입임대주택은 5호) 이상의 주택을, 기존임대주택의 경우 전국에 소재한 2호 이상의 주택을 임대해야 한다. 다만 다가구주택은 1세대가 독립하여 사용할 수 있도록 구획된 부분을 1구의 주택으로 보아 주택수를 계산한다.
 
임대기간 및 가격 기준
임대사업자로서 건설임대 및 기존임대 주택의 경우 2호(매입임대주택은 5호) 이상의 주택의 임대를 개시한 날부터 5년(매입임대주택은 10년) 이상 계속 임대하여야 한다.
그리고 건설임대주택의 경우 2호(매입임대주택은 5호) 이상 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초로 임대주택 합산배제 신청을 한 연도의 과세기준일 현재 호당 공시가격이 6억원(매입임대주택은 3억원) 이하이어야 하고, 기존임대주택의 경우 2005년 과세기준일 현재 공시가격이 호당 3억원 이하이어야 합산배제요건을 갖춘 것으로 본다. 미임대 건설임대주택의 경우에는 호당 6억원 이하이어야 한다.

2. 기타주택의 합산배제 기본요건
위에서 언급한 임대주택 외에도 종합부동산세법에서는 종합부동산세를 부과하는 취지에 적합하지 않는 사원용 주택, 기숙사, 미분양주택 및 가정보육시설용 주택은 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에서 제외하고 있다.

사원용 주택 및 기숙사
종업원에게 무상으로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 국민주택규모 이하의 주택은 종합부동산세 합산배제 대상이 된다. 다만, 사용자가 개인인 경우에는 그 사용자와의 관계에 있어서국세기본법시행령제20조 제1호 내지 제8호의 친족관계에 해당하는 자나, 법인인 경우에는국세기본법제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에게 제공하는 주택은 제외된다.
한편, 학교 또는 공장 등의 학생 또는 종업원 등을 위한 공동취사용 구조인 기숙사도 합산배제 대상이 된다.

미분양주택
과세기준일 현재 세법상 사업자등록을 한 자가 건축하여 소유하는 미분양 주택으로서, 주택법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 얻은 자의 미분양 주택으로서  05년 1.1일 이후에 주택분 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 3년이 경과하지 아니한 주택이나,
건축법 제8조의 규정에 의한 허가를 받은 자의 미분양 주택으로서  05년 1.1일 이후에 주택분 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 3년이 경과하지 아니한 주택은 합산배제 대상이 된다. 다만, 자기 또는 임대계약 등 권원을 불문하고 타인이 거주한 기간이 1년 이상인 주택은 제외된다.

가정보육시설용 주택
세대원이영유아보육법제13조의 규정에 따라 시장 군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말함)의 인가를 받고 사업자등록을 한 후 과세기준일 현재 5년 이상 계속하여 가정보육시설로 운영하는 주택도 합산배제 대상이 된다.

3. 임대주택 등 합산배제 추가 요건은?
위의 기본요건을 충족하는 경우 과세기준일(6.1일)까지 시 군 구에 임대사업자등록과 세무서에 사업자등록을 마친 후(임대주택만 해당) 합산배제를  06. 9월중에 조기신청 하였거나, 신고기간( 07. 12.1~12.17)내에 신청하여야만 종합부동산세 과세에서 제외된다.
다만, 다가구주택은 임대주택법상 1동의 주택을 1호의 주택으로 보아 임대주택수를 계산하므로, 호수에 미달하여 임대사업자등록을 할 수 없었던 자는 관할 세무서에 사업자등록만 하면 임대사업자등록을 한 것으로 본다.
한편, 미임대 건설임대 주택의 경우 사용승인(사용검사)을 받은 날부터 과세기준일 현재까지의 기간 동안 임대된 사실이 없고 그 기간이 6개월 이내인 경우에만 합산배제 대상이 된다.

4. 합산배제 사후관리는?
합산배제 임대주택 등은 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 경우(의무임대 기간내 양도, 임대주택수 미달 등) 에는 이미 감면 받은 세액을 추징하게 된다.
추징대상 주택에 대하여는 매 과세연도마다 당해 주택을 과세표준 합산 대상이 되는 주택으로 보고 계산한 종합부동산세액에서 매 과세연도마다 당해 주택을 과세표준 합산배제 대상이 되는 주택으로 보고 계산한 종합부동산세액을 차감한 금액을 추징하게 된다. 추징시에는 신고불성실가산세는 부과하지 아니하나, 납부기한의 다음날부터 납세고지일까지의 기간에 1일 1만분의 3의 이자율을 적용하여 납부불성실가산세는 추징하게 된다.
이처럼 임대주택 등에 대한 합산배제는 종합부동산세를 면제 받는 대신에 의무임대기간 등을 준수하여야 하는 반대의무가 따르게 됨을 유의하여야 한다.